重構所需的電路配置信息在系統運行過程中動態產生。重構時系統可以邊重構邊工作。這種重構系統設計復雜，但靈活性大，能充分發揮出硬件運算的效率，較適合高速數字濾波器、演化計算、定制計算等方面的應用。從現有的可重構系統組織結構看，可以根據應用類型加以區分，在中低端應用中，主要采用通用微處理器MPU(MCU/DSP)+FPGA形式;在高端應用中，主要采用處理器集成型，即將處理器、存儲器、I/O口、LVDS、CDR等系統設計需要的資源集成到一個FPGA芯片上，構建成一個可編程的片上系統SoPC(SystemonProgrammableChip)。通用微處理器具有良好的接口功能，便于構建可重構系統。按照MPU與FPGA之間的相互關系以及在系統中所起的作用。

主要可以分為兩類：MPU控制FPGA工作的可重構系統和MPU協同FPGA工作的可重構系統。這類系統采用MPU作為系統的控制核心，在FPGA中實現控制器的外設電路功能。實質上，這是傳統MPU控制系統的繼承與發展，根據系統需要，在FPGA中定制實現各分立的外部設備與接口，如SRAM、鍵盤與顯示接口以及總線的擴展等應用。例如在某多高速采集處理系統中，所需處理的數據流龐大，對它的處理是計算密集型任務。采用DSP+FPGA結構模式，以FPGA作為DSP的協處理器，能夠以硬件的速度進行并行計算，同時利用其在線可重構特性，靈活地改變內部邏輯配置來完成多種不同算法的任務。由于主要控制任務在MPU上實現。